Au début de 1942, les Allemands agrandissent le camp. En juillet, la police de sûreté allemande, assistée par une compagnie SS, et la police militaire néerlandaise prennent le contrôle de Westerbork. Erich Deppner en est nommé commandant; il l'utilise désormais comme base de départ pour les déportations vers l'Est, les trains partant tous les mardis. De juillet 1942 à septembre 1944, 97 776 Juifs sont déportés de Westerbork: 54930 vers Auschwitz en 68 convois, 34 313 vers Sobibor en 19 convois, 4 771 vers Thersienstadt en 7 convois et 3 762 vers Bergen-Belsen en 9 convois. Dans le dernier de ces convois, le 3 septembre 1944, se trouve la famille Frank, parmi plus de mille personnes.
Le camp abrite deux sortes de prisonniers. Alors que la plupart des détenus ne demeurent dans le camp que pour de courtes périodes avant d'être déportés, on y trouve aussi une population permanente de 2000 personnes, pour la plupart des Juifs allemands, des membres des conseils juifs, et les employés du camp. Les Allemands encouragent les activités "normales" de ce groupe, notamment la ferronnerie, le travail à l'infirmerie et les activités culturelles. Une unité de police juive est chargée de maintenir l'ordre et d'aider au départ des convois. A la fin cependant, la plupart de ces détenus "permanents" sont eux aussi envoyés vers les camps de la mort.Au début du mois d'avril 1945, à l'approche des troupes alliées, les Allemands abandonnent le camp. Westerbork est libéré le 12 avril 1945 par l'armée canadienne qui y trouve 876 prisonniers.
Les dernières baraques du camp sont détruites en 1971. En 1992, des travaux de reconstruction sont effectués pour donner au site un caractère informatif. 102 000 pierres sont placées sur l'ancienne place de l'appel; elles symbolisent le nombre de déportés qui ne sont jamais revenus.
